Il Magistrato è l'organo direttivo della Confraternita e viene eletto ogni tre anni (data ultime elezioni: 5 giugno 2016, delibera assegnazione incarichi: 8 giugno 2016).
Attualmente esso è composto da:
- Francesco Nencetti - Governatore, resp. volontari, dipendenti e servizio civile
- Genny Conficconi - Vice-Governatore, attività giovanili e ricreative
- Luciano Fabbri - Segretario e studi medici
- Gian Paolo Maggi - Tesoriere
- Renzo Fantoni - Responsabile automezzi
- Romano Fezzi - Responsabile locali
- Pina Raiolo - Responsabile vestiario e relazioni con associazioni paesane
- Marco Neroni - Responsabile Protezione Civile, attività giovanili e ricreative
- Silvano Aglietti - Responsabile Sezione Contea
Il correttore della Misericordia di Dicomano è Don Carlo Ballerini.